Le avventure di Stargate Universe iniziano con una visita ufficiale alla base militare segreta in cui è in atto il programma Icarus. Un improvviso attacco alla base spinge alla fuga un gruppo di ricercatori militari e civili, ma il Dr. Rush riesce a indirizzare i fuggitivi verso il suo esperimento, per esplorare i misteri del 9° Chevron, portandoli ad attraversare uno Stargate. La squadra si ritrova così catapultata su un’astronave lanciata dagli Antichi milioni di anni prima per esplorare le galassie, la Destiny, impossibilitati a tornate sulla Terra. Da qui inizia la strabiliante e imprevedibile avventura del gruppo dei sopravvissuti, che lotteranno contro l’ignoto e l’oscurità, contro la mancanza di viveri e di aria, contro la paura e il pericolo. La compagnia intrappolata sulla Destiny, lasciata in balia di sé stessa, ha perso tutto, tranne la speranza, costretta ad un viaggio di cui nessuno conosce l’epilogo ed impotente di fronte alle forze dell’universo e della scienza.